ガラパゴス諸島内のビジターサイトにはクルーズ船が直接に接岸できる港はありません。各ビジターサイトでは沖合いで停泊をしたクルーズ船からゴムボートで上陸します。上陸方法は二種類で、靴を履いたまま上陸ができる「ドライランディング」と、砂浜に接岸したボートから海の中に上陸する「ウエットランディング」です。そのほかに、上陸はしないでボートに乗ったまま洋上から見学する「ボートライディング」という楽しみ方もあります。

初日と最終日を除くクルーズ期間中は、一日に午前と午後に一ヶ所ずつ２ヶ所のビジターサイトに上陸して見学します。ビジターサイトの見学は最大でも16名単位で同一行動で見学する事が国立公園のルールで、各班にナチュラリストガイドが同行して案内をしてくれます。一般的にはクルーズのスケジュールは以下の行程で運行されています。（但し記載する時間やプログラムは参考で、クルーズ船ごとに異なります）

ガラパゴスに到着。エクアドル本土とガラパゴスを往復する国内線の予約はほとんどのクルーズ会社が乗船日と下船日に合わせて座席を確保していて予約は保証されます。船会社が国内線の手配をしている場合は航空券の発券や空港の搭乗手続きも船会社が行ないます。

• 午前～昼：キトまたはグアヤキルから国内線でガラパゴスに到着

  空港はバルトラ島とサン・クリストバル島にあるので、クルーズ船により乗・下船地が異なります

• 空港でスタッフの出迎えを受けクルーズ船に乗船

  プログラムによっては乗船前に見学をする場合があります

• 乗船後昼食（プログラムによります）
• 全体説明会：船内の案内、避難訓練について、スケジュールの説明、国立公園のルールなどの説明会
• 避難訓練実施
• 午後：最初の上陸、ビジターサイトの見学
• 夜：夕食前に明日のスケジュール説明会、ウエルカム・プログラムに引き続き夕食

ガラパゴスに到着。エクアドル本土とガラパゴスを往復する国内線の予約はほとんどのクルーズ会社が乗船日と下船日に合わせて座席を確保していて予約は保証されます。船会社が国内線の手配をしている場合は航空券の発券や空港の搭乗手続きも船会社が行ないます。

• 朝6時半頃：起床、朝食
• 朝8時半頃：午前の上陸、ビジターサイトの見学
• 午前11時半頃：帰船、昼食、休憩（船は次の目的地に向け航行）
• 午後３時頃：午後の上陸、ビジターサイトの見学
• 夕刻６時頃：帰船
• 夜７時頃：明日のスケジュールの説明会
• 夜７時半頃：夕食　（最終日前日はさよならパーティー）

ガラパゴスに到着。エクアドル本土とガラパゴスを往復する国内線の予約はほとんどのクルーズ会社が乗船日と下船日に合わせて座席を確保していて予約は保証されます。船会社が国内線の手配をしている場合は航空券の発券や空港の搭乗手続きも船会社が行ないます。

• 朝食後：チェックアウト

  （プログラムによっては午前中に一ヶ所の見学が含まれるコースもあります）

• 午前：クルーズを下船、空港へ
• 昼頃：ガラパゴスを後にキト又はグアヤキルに向けて出発