ガラパゴス諸島への訪問者は、本土を離れる前にキト又はグアヤキルの空港でCONSEJO→ABG→国内線搭乗手続きの順でそれぞれのカウンターで必要な手続きを済ませます。

• CONSEJO（Consejo de Gobierno del Regimen Especial de Galapagos：ガラパゴス特区政府審議会）ブースで入島手続きを済ませ入島管理カードを発行して貰います。

  CONSEJOブースでは一人当たりUS$20（2024年8月現在）を支払って、TCTカード（Tarjeta de Control Transit para ingresar a Galapagos）の登録と発行をしてもらいます。
  CONSEJOの入島手続きの新制度は2008年3月から導入されました。 空港の申請手続きは係員が手作業の為に結構時間を要するので、出発の少なくとも2時間前には空港に到着して手続きをするように案内しています。クルーズに参加する場合は事前にクルーズ会社が代理申請を行なう場合もありますので、費用をクルーズ代金と一緒に先払いして依頼する方が無難です。

• ABG（Agencia de Regulacion y Control de la Bioseguridad y Cuaratena para Galapagos:ガラパゴス・バイオセキュリティ＆検疫監督局）による機内に預ける荷物の検査を済ませます。
• 国内線搭乗受け付けカウンターで搭乗手続きを済ませます。

  航空会社に預ける荷物はABGの検査を受けなければなりません。検査済みシールの無い荷物を航空会社は預かりません。

★到着前の機内でABGの持ち込み荷物の申告書が配られるので記入を済ませておきましょう。
空の玄関バルトラ空港又は、サンクリストバル空港に到着したら、次の手順で入島手続きを済ませます。

• CONSEJOカウンターでパスポートと入島管理カードを提出して入島手続きを行います。

入島者手続きは、エクアドル本土を出発前にCONSEJOカウンターで交付された入島カードに必要事項を記入して提出することが義務付けられています。予め飛行機の中で必要事項の記入を済ませて用意しておきましょう。

• PNG国立公園カウンターで入島料の支払いをします。

カウンターでは、入島料が徴収されます。ガラパゴス諸島を訪れる12歳以上の外国籍旅行者は一人当たりUS$200.00（12歳未満はUS$100.00）を支払います。
現金しか通用しないので、予め用意しておく必要があります。
※入島料の経済効果
入島料の経済効果は大きく、2023年の統計では1年間にガラパゴスを訪れた観光客の総数は329,475人（内訳：外国籍178,605人(約54.2%)、エクアドル国籍150,870人(約45.8%)を数えました。入島料の経済的な貢献度は大きく、2023年の入島料の総額は入島者がすべて大人と仮定すると約1,876万ドル（$1=150円換算で約29億868万円）になり、諸島内の4機関に分配されてガラパゴスの継続的保護・保全・管理・整備などを支えています。

• ガラパゴスに到着するとABGカウンターで持ち込み荷物の申告書を提出して手荷物検査を済ませます。

申告書は機内で配られるか、持ち合わせがない場合は空港で入手して必要事項を記入して提出します。持ち込み規制に抵触する食品、果物や草花の種などは没収されますのでお気をつけください。

 ガラパゴスではビジターサイトでの見学ルールが定められています。事前に旅行会社から資料を入手して理解するか、ナチュラリストガイドの説明をよく理解して厳守してください。
 ビジターサイトでは見学ルールを守る事が義務付けられています。主なルールの骨子は、「動物に触らない」「動物を驚かさない」「動物から２m以内には近付かない」「動物の撮影にフラッシュは使わない」「いかなる物（石でも）にも触らない・動かさない」「いかなる物（植物や動物）も持ち込まない」「いかなる物も採集したり持ち出さない」「ビジターサイトでは飲食・喫煙はしない」などが基本的な内容で、見学は楽しんでも自然を壊したり脅かすような事はしないでそのままの状態を保ち保全するためのルールが定められています。